医院现拥有3个上海市临床医学中心（口腔临床、整复外科、关节外科）和2个上海市临床医疗质量控制中心（口腔医学、医学美容）。
口腔临床医学、整复外科与组织工程学、外科学（骨科）现为国家重点学科，心血管内科为国家重点学科组员单位（医院）。
口腔基础医学现为国家重点培育学科。骨科、口腔颌面外科、牙体牙髓科、牙周科、口腔修复科、眼科、整复外科、口腔正畸科、口腔黏膜科、耳鼻咽喉-头颈外科为国家临床重点专科。
口腔医学、整复外科学、骨科学为教育部“十二五”“工程”重点建设学科。口腔黏膜病科列为国家中医药管理局重点专科。血管外科为全国第一批外周血管介入诊疗培训基地和上海交通大学医学院血管病诊治中心。
组织工程学为上海市“重中之重“学科，口腔颌面外科为上海市重点学科（优势学科），口腔修复生物材料学为上海市重点学科（特色学科），口腔基础医学和眼科学为上海市第三期重点学科。
修复重建外科入选上海市“重中之重”临床医学中心，眼科为上海市“重中之重”临床重点学科，骨科为上海市教委重点学科。眼科、麻醉科、泌尿外科、内分泌科为上海交通大学医学院重点学科。神经内科为上海市脑卒中预防与救治中心单位，普外科为上海交通大学医学院疝与腹壁外科疾病诊治中心。
九院目前还是英国爱丁堡皇家外科学院头颈与肿瘤培训中心单位、国际口腔颌面外科医师协会（IAOMS）口腔肿瘤外科与修复重建培训中心单位和口腔颌面外科国际内固定学会（AOCMF）颅颌面分会培训中心单位。
“十二五”以来九院学科临床综合实力逐年提升。整复外科现为国际上规模最大的整形外科医学中心和国内最大的整形外科医教研中心。口腔颌面外科已达到国际领先水平，牙体牙髓病科、牙周病科、口腔粘膜病科、口腔修复科、口腔正畸科、儿童口腔科、口腔预防科、口腔种植科、口腔综合科等各类牙科诊疗达到国内领先水平，部分国际先进水平。
骨关节外科和脊柱外科处于国内优势地位。眼整形眼眶外科、眼肿瘤治疗达到全国领先水平，辅助生殖中心年取卵周期过万，是全国辅助生殖中心中诊疗不孕症妇女平均年龄最高的辅助生殖中心。心血管介入治疗、钬激光前列腺剜除治疗、周围血管疾病治疗、疝与腹壁外科疾病诊治、病理性肥胖手术治疗、脑卒中介入治疗等方面，处于本市领先水平。现任临床医技科主任近60%为博士生导师。
年九院提供门急诊医疗服务.2万人次、出院10.22万人、开展住院手术7.85万例，分别较上年增长4.70%、7.94%和7.16%，年门诊手术人次数19.41万（同比增长13.71%）。平均住院日6.98天；床位周转率57.18床/次；床位使用率.96％。药占比28.7%（全市最低）。
整形科学科由中国工程院院士张涤生教授于年创建，至今已有50余年历史。学科下设七大专科：显微重建外科、颅面外科、烧伤整形外科、手外科、美容外科，以及淋巴水肿专科、血管瘤与血管畸形专科，包括有：耳鼻再造、面神经瘫痪、泌尿生殖系统畸形、激光、植发、功能康复等20个亚专业。
学科创建了我国颅面外科，开拓了我国显微重建外科，发起了我国修复重建外科学会，是我国目前最大的淋巴水肿、血管瘤与烧伤畸形的诊治中心，以及国内规模最大的美容外科中心。
学科现有各级临床医师余名，病床张，年门诊量近25万人次，年手术与治疗量6万4千余人次。近三年累计获得国家科技支撑计划、国家“”、国家自然科学基金重点项目、国家自然基金等国家级项目近50项，发表SCI论文余篇。学科累计获得国家科技发明奖、国家科技进步奖、教育部科技进步奖、卫生部医学成果奖和上海市科技进步奖等近50次。
学科积极开展国内外学术交流，与美国、加拿大、法国、意大利、日本、瑞士、德国、韩国，以及港、澳、台等地区著名大学、研究所建立了科研合作和医师互访关系，定期举办大型国际会议及全国性学术会议，为我国整形外科与世界先进水平接轨，培养高层次的专业人才做出了重要贡献。
学科的发展目标为“国际上最具规模的，整体学术水平居国际先进水平，部分项目具有国际领先地位”的整形与修复重建外科医疗、教育与科研中心之一。